Сделать домашней|Добавить в избранное
 

БИОМИКА / BIOMICS
Электронный рецензируемый журнал Института биохимии и генетики –
обособленного структурного подразделения Федерального государственного бюджетного научного учреждения
Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук
ISSN 2221-6197

 
» » » Опыт применения современных подходов к геносистематике прокариот в таксономических исследованиях ризосферной микрофлоры.

Опыт применения современных подходов к геносистематике прокариот в таксономических исследованиях ризосферной микрофлоры.

Автор: redaction от 7-08-2018, 08:26
Щеголев С.Ю., Бурыгин Г.Л.
..

Проведенные нами исследования и литературные данные демонстрируют неоднозначность видовой идентификации изолятов с применением традиционных филогенетических маркеров – последовательностей ДНК генов 16S рРНК и интергенного спейсера ITS1. Подобная неоднозначность отмечена также при использовании последовательностей ДНК групп генов, отличающихся в подавляющем большинстве независимой эволюцией и собственной эволюционной историей. Применение тестов, рекомендуемых в рамках геномной таксономии микробов с привлечением результатов полногеномного секвенирования ДНК штаммов, показало зависимость оценок их систематического положения от типа используемых полногеномных данных, относящихся к базовой и подвижной составляющим пангенома. К этому добавляется ограниченность набора расшифрованных референтных геномов для достаточно широкого списка представителей различных таксономических групп, из-за чего видовая идентификация изолятов оказывается, как минимум, неполной. Обсуждаемые наблюдения иллюстрируют отсутствие единой генетической системы видовой идентификации изолятов (как и самой видовой классификации прокариот), что делает более оправданным применение в их систематике полифазного подхода с сочетанием традиционных молекулярно-генетических тестов и соответствующих наборов фенотипических признаков исследуемых штаммов. Следует учитывать, что указанные тесты оперируют, как правило, филогенетическими маркерами из базовой составляющей пангенома и отражают лишь часть эволюционной истории организмов, ограниченную во времени в той или иной степени без учета горизонтального переноса генов. Последний может играть определяющую роль в приобретении прокариотами разнообразных признаков, обеспечивающих их существование в конкретных экологических нишах и оказывающих решающее влияние на их видовую идентификацию.

bmcs18102157.pdf [675,61 Kb] (cкачиваний: 4)
https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2018-20
Уважаемый посетитель, Вы зашли на сайт как незарегистрированный пользователь.
Мы рекомендуем Вам зарегистрироваться либо войти на сайт под своим именем.

Комментарии:

Оставить комментарий
 

Электронный журнал
Биомика